Der Aufstand in Erzurum begann am 20. Juni 1890. Der derzeitige Gouverneur Samih Pascha und einige andere Zuständige stellten fest, dass die Armenier aus Russland Waffen und Munitionen gebracht und sie in der Schule Sanasaryan und in verschiedenen Kirchen versteckt haben. Die Sicherheitskräfte versuchten im Juli die Kirche zu durchsuchen. Doch waren die Armenier darauf schon vorbereitet, da sie von der geplanten Durchsuchung gehört hatten. Mit dem ersten Befehl erschossen die Armenier einen Offizier und zwei Soldaten. Bei der Operation kam auch ein Polizist ums Leben. Erst danach konnte die Kirche durchsucht werden.

Ein armenischer Augenzeuge betonte in seinem, anlässlich des Jahrestages des Vorfalls von Erzurum in den USA von Armeniern herausgegeben Zeitung Hayrenik im Jahr 1927 erschienen Artikel folgendes:

"Der Gründer der Sanasaryan Schule ist 1890 gestorben. Hinter ihm wurden Gottesdienste veranstaltet und getrauert. Die Regierung wurde darüber informiert, dass sich in der Schule eine Waffenwerkstatt befand. Man glaubte, dass armenische katholische Priester die Regierung darüber unterrichtet hatten. Vor der Durchsuchung meldete Bogos, dass die Schule in zwei Stunden durchsucht wird. Sofort wurden Bücher über die nationale Geschichte, Hefte und alles, was beim ersten Anblick auffallen konnte, versteckt. Die Durchsuchung ergab nichts. Die Armenier schrien, dass der Eintritt der Türken in die Kirche, die Kirche beschmutze. Danach begannen die Männer von Gergesyan, der von der Vertretung des Daschnaksutyun Komitees in Erzurum getötet wurde und zu den gründenden Urmitgliedern des sogenannten Vereins der Verteidigenden Bürger gehörte, das Volk aufzuhetzen. Läden wurden geschlossen, Gottesdienste verboten, die Glocken läuteten nicht mehr. Die Armenier waren Herr der Lage. Die Aufständischen machten aus dieser Gelegenheit Gebrauch und schrien, "die Armenier sind seit drei Tagen frei, wir werden diese Freiheit mit den Waffen schützen". Sie forderten Steuererleichterungen von der Regierung, die Aufhebung des Betrags gegen den Wehrdienst, die Niederbrennung der nicht mehr heiligen Kirche und deren Neuerrichtung und die Umsetzung des Artikels 61.

Die Armenier verbrachten drei bis vier Tage auf dem Friedhof, in der Kirche und auf dem Schulhof. Armenische Intellektuelle, welche die Gruppe aufzulösen versuchte, wurden geprügelt. Die Warnung der Regierung wurde nicht beachtet. Die Aufständischen ermutigten das Volk. Als der Bruder von Gergesyan zwei Soldaten erschoss, kam es zu einem zweistündigen Schusswechsel. Am nächsten Tag reisten Konsule durch die Stadt. Aus beiden Seiten gab es mehr als 100 Tote und 200 bis 300 Verletzte.

Der russische Konsul Tevet, besuchte den Gouverneur und sagte zu ihm: "Eine solche aufständische Rasse, hätte man auch in Russland getötet." Gegenüber der armenischen Gemeinde betonte jedoch der russische Konsul, "Das armenische Volk hat es nicht verdient, unter der Herrschaft einer grausamen Regierung wie in der Türkei zu leben."